杨康之子杨过（陈晓 饰）自幼流落江湖，于偶然之中被故人郭靖（郑国霖 饰）与黄蓉（杨明娜 饰）夫妇收留。然而，杨过虽极具武学天赋，却生性顽劣，四处招惹是非闯下大祸。郭靖夫妇无奈之下将其送往全真教，希望师长能严加管教。难以忍受全真教苛刻森严的教规与苦不堪言的日子，杨过决意出逃，却误打误撞闯入了活死人墓禁地，邂逅了恍若天人的小龙女（陈妍希 饰）。自此，杨过拜小龙女为师，修习古墓派绝学。朝夕相处之间，两人渐渐生出超越师徒之上的刻骨爱恋。随着赤练仙子李莫愁（张馨予 饰）闯入古墓，杨过与小龙女被卷入了剪不断理还乱的江湖纷争。值此蒙古铁骑南下之际，两人不仅要在武林大会、襄阳鏖兵、绝情幽谷等险境中直面明争暗斗与腥风血雨，更要承受长达十六年的生离死别。历经重重磨难，痴情的杨过终于在绝情谷底与大难不死的小龙女重逢。二人重返世间，恰逢蒙古大军猛攻襄阳。杨过力战击败金轮国师，更以飞石击毙蒙古皇帝蒙哥，为襄阳保卫战立下首功。战事平息，杨过与小龙女携手告别郭靖等故人，带着神雕，并肩悠然远去。